嵌入式硬盘录像机目前在市场中的品种比较多，和PC工业计算机平台的DVR比较起来看，它属于低端商业等级的产品，主要是面对低端用户而设计的，其缺点有几下方面：
1、硬盘损坏时，没有预警。硬盘录像机在使用时，软件和操作系统是安装在FALSH里面的，程序不容易死机，但是，当硬盘损坏时，系统程序仍然在运行，事实上录象数据已经写不进硬盘中了，造成无法及时地更换硬盘。
2、主机发生故障时，唯一的解决办法就是“发回厂家维修”嵌入式硬盘录像机，由于其工作方式的原因，发生故障时，现场人员无法解决，必须要把机器发回到厂家，进行内部电路板上的维修。由于嵌入式硬盘录像机所有的硬件都集成在一起，主板、报警、485模块、网络等等只要有一个模块发生故障，就必须要发回厂家维修或者直接更换新的机器。
3、显示质量受显示芯片的限制，显示效果不理想、延时比较大。和IPC工业计算机平台的DVR比较起来看，在显示效果上和延时问题上，嵌入式的和IPC式的产品，有质的差别，WINDOWS2000操作系统对2D图象的支持能力是非常强大的，同时独立的64MB显示卡，专门用于处理视频图像，因此在显示质量和视频延时上不存在问题。
4、嵌入式硬盘录像机工作日志无法做完整嵌入式硬盘录像机的软件是保存在FLASH里面的，受空间容量的影响，其系统的工作日志无法实现完整的设计，同时还会造成日志保存的时间比较短的后果。
5、回放和网传效果差，由于受到显示芯片的限制，回放的效果极不理想。在进行局域网和外网访问的时候，效果更是让人不能接受。
6、嵌入式硬盘录像机可扩展性差嵌入式硬盘录像机其视频处理部分均集成在一块板子上，如果需要扩展1路上去，唯一的办法就是换机器。所以，起扩展性能比较差。
7、软件升级困难嵌入式硬盘录像机软件是烧录在FLASH里面的，必须要通过客户端机器使用串口和网络的方式用专门的软件远程升级，需要厂家或者专业人员来完成这个工作。

8、操作系统版权问题嵌入式硬盘录像机，有相当一部分厂商使用VxWorks等操作系统来做嵌入式硬盘录像机，VxWorks等操作系统的版权非常昂贵，因此多数厂商使用盗板的VxWorks，这对用户会带来不少的麻烦。